ปี พ.ศ.2549 ตามคำสั่งสภามหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ที่ 08/2549 ในการประชุมครั้งที่ 5/2549 เมื่อวันที่ 21 พฤศจิกายน 2549 คณะกรรมการสภาฯ มีมติแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ เพื่อให้การตรวจสอบการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยฯ เป็นไปด้วยความเรียบร้อยและบรรลุวัตถุประสงค์ตามพันธกิจของมหาวิทยาลัย
ปี พ.ศ.2550 ตามคำสั่งสภามหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ที่ 02/2550 คณะกรรมการสภาฯ มีมติยกเลิกคำสั่งสภาฯ ที่ 08/2549 และแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยฯ และ ตามคำสั่งสภามหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ที่ 03/2550 มีมติแต่งตั้งผู้ช่วยเลขานุการคณะกรรมการตรวจสอบการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ดังรายชื่อต่อไปนี้
1. นายวิเชียร เตชะไพบูลย์ ประธานกรรมการ
2. ศาสตราจารย์ ดร.ศุภชัย ยาวะประภาษ กรรมการ
3. ผู้ช่วยศาสตราจารย์ปิยรัตน์ กฤษณามระ กรรมการ
4. รองศาสตราจารย์ประพันธ์พงศ์ เวชชาชีวะ กรรมการและเลขานุการ
5. ผู้ช่วยศาสตราจารย์พรรณราย แสงวิเชียร ผู้ช่วยเลขานุการ
ปี พ.ศ.2559 ตามคำสั่งสภามหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ที่ 08/2559 คณะกรรมการสภาฯ มีมติยกเลิกคำสั่งสภาฯ ที่ 01/2558 และแต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบการดำเนินงานของมหาวิทยาลัยฯ ดังรายชื่อต่อไปนี้
1. นายไปรเทพ ซอโสตถิกุล ประธานกรรมการ
2. ศาสตราจารย์ ดร.ศุภชัย ยาวะประภาษ กรรมการ
3. รองศาสตราจารย์ประพันธ์พงศ์ เวชชาชีวะ กรรมการ
4. ผู้ช่วยศาสตราจารย์ปิยรัตน์ กฤษณามระ กรรมการ
5. ผู้ช่วยศาสตราจารย์พรรณราย แสงวิเชียร กรรมการและเลขานุการ
เพื่อให้การดำเนินการตรวจสอบเป็นไปด้วยความเรียบร้อยและบรรลุวัตถุประสงค์ ทางคณะกรรมการตรวจสอบฯ จึงมีการคัดเลือกผู้ตรวจสอบภายในเข้ามาปฏิบัติงานตรวจสอบ และประสานงานกับฝ่ายบริหาร ซึ่งได้แก่ อธิการบดี เพื่อบรรลุวัตถุประสงค์ตามพันธกิจของมหาวิทยาลัย
แนวปฏิบัติและระเบียบที่นำมาเป็นแนวทางในการตรวจสอบ
– ระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน ว่าด้วยการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2546
– ระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการกำหนดมาตรฐานการควบคุมภายใน พ.ศ. 2544
– ระเบียบกระทรวงการคลัง ว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2542
– มาตรฐานการตรวจสอบภายใน และจริยธรรมของผู้ตรวจสอบภายในของส่วนราชการ การควบคุมภายในตามมาตรฐานสากลของ Committee of Sponsoring Organization of the Tread way Commission ( COSO) และเอกสารต่าง ๆ เกี่ยวกับการควบคุมภายในของสำนักงานตรวจเงินแผ่นดินแห่งสหรัฐอเมริกา (General Accounting Office หรือ GAO)